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yuukoさん質問ありがとうございます。
私が聞いたことがあるのは、原稿サイズが大きくなると、それだけ描き込みができるから、という理由です。

B5で1200dpiだと、8,598px×12,142px
B4の600dpiだと　6,071×8,599px
ピクセル数はyuukoさんの設定のほうが大きいですね。

想像するに、きっと、プロの作家さんは、アナログでずっと描かれていたでしょうから、
投稿用原稿用紙(B4)で考えたほうが、「仕上がりのイメージができるから」B4サイズを使われているのではないでしょうか。

B4で描いた原稿が印刷されて縮小されたらこうなる、というノウハウがあったりすると思いますし…。

アナログから移行すると、ピクセルではなく、mmの単位の方が馴染みがあるので、
ペンの太さや枠の太さなど、B4で考えて、mm設定で今までどおり描かれる方が多いのだと思います。

ただ、これからは投稿用紙にペン入れしたことがない方も増えるでしょうし、
どんなサイズや解像度で描いていても、印刷に耐えられればOKという感じになるのではないでしょうか？

B4原稿用紙の設定でも、600dpi派と1200dpi派がいますし、それぞれの作家さんがどこにこだわるか？によるのかと…。
まとめると、納品先や出版社、印刷所がOKなら、自分が描きやすい設定のものを使って問題無いと思います。

(アシスタントさんを使う場合、用紙の設定が他と違うので、ペンの太さ等に注意してもらうといいと思います)

私のテンプレートは、コミスタに初期収録されている投稿テンプレを改造したものです。
B4とA4の関係は、クリスタでも同じようです↓

クリペで投稿用の漫画原稿用紙を作るには
http://www.clip-studio.com/clip_site/support/help/detail/svc/53/tid/37849

おそらく、投稿用のサイズがまちまちなのは…単行本にした時などに、比率が変わるからではないでしょうか？
(よくジャンプの単行本では、雑誌掲載の時は写らなかった上下部分が印刷で写ってしまい、ベタの塗り忘れなどがあったりするのを見ます)

媒体によって比率は変わると思いますので、やはり、気持ち大きめに描いておくと、後々色々な媒体で展開する時に困らないかもしれません。

やはり最終的には、納品する出版社さんの比率や希望されるサイズに合わせるのがいいかと思います。

(編集部さんによっては、必ずこのテンプレを使ってくれ、という話もあるようです)

デジタルになると、環境によって値が違ったりして戸惑うと思いますが…
作家さんの好みや、線の質によって合う環境も違うと思いますので、
多少試行錯誤されるものなのかもしれません…(；´∀｀)